根据2022年9月市委编委印发的《陈云纪念馆机构职能编制规定》（沪编〔2022〕70号），陈云纪念馆主要职责和内设机构如下：
陈云纪念馆主要职责
（一）保护、管理陈云故居等不可移动文物。
（二）征集、收藏、保管陈云同志有关手稿、文献、声像资料和实物等可移动文物，开展相关口述史发掘工作。
（三）开展陈云党建思想、经济思想、哲学思想等方面理论研究、学术研讨、成果出版等工作。
（四）承担陈云纪念馆面向公众开放工作，讲述讲好陈云故事，组织开展红色文化主题宣传教育活动，发挥红色资源凝心聚力、铸魂育人、推动发展的社会功能。
（五）开展相关陈列展览、文艺创作、媒体宣传、文创开发等工作，大力弘扬陈云同志精神风范，传播红色文化、传承红色基因。
（六）征集、收藏、保管和利用青浦革命历史相关文物、资料，开展相关研究、交流及宣传教育工作。
（七）开展与全国陈云纪念地、全国名人故居场馆的交流协作工作。
（八）完成中共上海市委宣传部交办的其他任务。
陈云纪念馆内设机构
（一）党政办公室。
（二）文物保管部。
（三）陈列编研部。
（四）社会教育部。
（五）对外联络部。
（六）综合保障部。
（七）宣传事务部。